انجمن های علمی – دانشجویی دانشگاه تربت حیدریه هر ساله پس از برگزاری انتخابات و مشخص شدن اعضای جدید فعالیت رسمی خود را زیر نظر شورای دبیران وتحت نظارت  مدیریت فرهنگی و فوق برنامه دانشگاه آغاز می کنند. دوره جدید انجمن های علمی نیزبا تکیه بر تجربیات فعالین سال های گذشته در این نهاد سعی بر آن دارند تا با استفاده و تقویت روز افزون نقاط قوت و کاستن بیش از پیش نقاط ضعف بر اقتدار و شایستگی هر چه بیشتر خود بیفزاید و با دادن شتاب سازنده به عقلانیت و تعهد انسان ساز در مسیر وظیفه بزرگ ، تاریخی و غرور آفرین خود یعنی تبدیل شدن به نمونه ی واقعی دانشگاه تمدن ساز ایرانی – اسلامی که یک هدف ملی و ایمانی است، گامهای اساسی و بنیادی بردارد.در همین راستا شورای دبیران انجمن های علمی تمامی تلاش خود را در جهت نهادینه شدن حس تعهد در بین اعضا برای تدام حرکت در مسیر اهداف انجمن های علمی خواهد داشت . لازم بذکر است انجمن های علمی دانشجویی دانشگاه تربت حیدریه در قالب آیین نامه وزارتی از سال 1384 در این دانشگاه شکل گرفته است.
در حال حاضر انجمن های علمی زیر در دانشگاه تربت حیدریه فعالیت دارند:
• انجمن علمی عمران
• انجمن علمی معماری
• انجمن علمی مهندسی برق
• انجمن علمی مهندسی صنایع
• انجمن علمی مهندسی مکانیک
• انجمن علمی اقتصاد کشاورزی
• انجمن علمی بین رشته ای رباتیک
• انجمن علمی باستان شناسی
• انجمن علمی زیست فناوری
• انجمن علمی مخابرات
• انجمن علمی تولیدات گیاهی
• انجمن علمی علوم سیاسی
• انجمن علمی کامپیوتر